刻蚀即通过物理或化学的方法去除非光刻胶或硬掩膜覆盖区域的材料。通常有两种方法，分别为干法刻蚀和湿法刻蚀，它们各有优缺点。但对于工艺灵活性、刻蚀精确度和可重复性等方面来说，干法刻蚀居主导地位。
对于SOl波导（尤其是矩形单模波导）或者光子晶体的制作来说，由于其波导尺寸极小（波长量级），在波导壁也具有较多光场分布，这时刻蚀工艺对波导传输损耗的影响就相当大了，所以这种小尺寸波导的刻蚀工艺需要严格控制其侧壁粗糙度，使其尽量光滑，以使其光损耗尽量减小。减小波导侧壁粗糙度的具体方法可参考波导损耗一节。
湿法刻蚀虽然能保证波导侧壁比较光滑，但其条宽控制较难，尤其是在波长量级的尺寸上。所以这种方法很少采用。
另外，刻蚀工艺对波导宽度的影响也很重要，理由同光刻。
