智能卡微控制器的操作系统和其他软件都是如此复杂，我们为它们专设了单独的一章，在该章中阐述了有关这一主题的所有方面。①然而，我们不能忽视这样一个事实：卡生命周期中安全基础的相当一部分已在制造芯片时建立在其中了。不管操作系统的质量有多高，也不论采取了多少加密措施，在设计或开发芯片时如果出现一个差错，使所有的秘密数据可由芯片中读出来的话，那么它们就毫无用处了。
安全也是十分重要的方面，半导体芯片的制造过程是在限制访问的、受保护的设施中进行的。在绝对无尘的厂房中比较容易做到限制访问，因为只有通过联锁的门口才能入内，使芯片在制造或切割成管芯过程时不能被侵人系统，这是保证在IC软件中没有特洛伊木马的惟一方法。从智能卡应用的安全性来说，这是非常严重而又比较危险的一种攻击形式。
