智能卡处理器没有内部时钟发生器，这样就需要一个外部供给的时钟。时钟是提供数据传输速率的基准。根据GSM 11.11，时钟的占空因数必须在40%～ω%的范围内。
施加到触点的时钟并不需要与提供给处理器的内部时钟信号完全一样，某些微控制器有一个可选的分频器，它插在外部时钟和内部时钟电路之间。通常，分频因子是2，因而外部时钟比内部时钟快两倍。这是由硬件的内部特性所决定，也是为了可把终端设各里已有的振荡器作为芯片的时钟信号源。
绝大多数智能卡的微控制器在CPU进入休眠模式时允许将时钟信号关闭。在这种情况下，关闭只意味着把时钟信号维持在规定的电平，电平的高或低取决于半导体制造商的选择。
智能卡仅仅从时钟引线端吸人几个微安的电流，时钟关闭的瞬间可能会出现一些难以估计的问题。但无论如何在终端设备内节省的电能数量相当可观，所以在某些应用中还有一定的价值。
