尽管ISE 10.x设计工具提供了功能强大的智能化综合及实现等模块，但在对逻辑进行高级设计的过程中仍然需要采用手动布局布线的方式才能达到没计要求。FPGA Editor 工具为设计者提供丰富的FPGA底层编辑功能，主要体现在以下几个方面．
（1）在运行自动布局布线器之前，对设计的关键组件和路径进行手动布局布线。
（2）如果自动布局布线器没有完成设计，可以通过于动方法完成。
（3）可以在设计中添加探针（Cross Probing）用来检测沟在目标器中信号的状态探针可以将一个内部网线连接到一个输入／输出引脚上，利用这种方式可以在不重新进行综合处理的前提下调试器件内部的任意信号。
（4）可以运行BitCen位流文件生成工具，并将生成配置文件下载到目标器件中．
（5）可以自接观察和修改在没针中与ILA内核相连的网线．
（6）可以手动创建一个完整的设计，但仅适合高级逻辑设计人员。
对于大型的逻辑设计或时序要求比较严格的设计来说，在使用自动布局布线器时可能会存在这样一种情况，即虽然布局布线工具经过了最大努力，但最后还是无法完成设计整个布局布线流程，而设计的代码在力所能及的范围内己经最优化了。这时可以通过使用手动布线来完成自动布局布线器没完成的布线工作，利用FPGA底层编辑器对设计的关键路径做一些处理，以有效地提高设计的布通率。通过于动设计的方式可以提高设计性能，提高器件内部逻辑资源的利用率。
在多数情况下，为了能够对逻辑设计进行动态调试，会在设计中使用ILA（集成化的逻辑分析工具）观察与分析内部信号或内部总线．XILINX的ChipScope Pro（集成化逻辑分析工具）需要将ILA内核插人到原始设计中，即将需要观测的数据、逻辑等于内部的某些网线连接，而这些观察点需要随时修改。 如果每次修改都重新插入ILA ，重新综合及布局布线，不仅工作效率低，同时由于每次布局布线结果都有差异，所以将会影响分析的可信度。一个比较好的解决方法是首先将一些信号与ILA连接并进行观察，随之使用FPGA底层编辑器打开布局布线后的NCD文件改变内部网线和ILA观测数据线的连接关系。然后直接通过添加探针或对ILA的修改来对逻辑调试，加快研发进度。
