FPGA设计包括描述层次及描述领域两方面内容。通常设计描述分为6个抽象层次，从高到低依次为：系统层、算法层、寄存器传输层、逻辑层、电路层和版图层。对每一层又分别有三种不同领域的描述：行为域描述、结构域描述和物理域描述。
系统层是系统最高层次的抽象描述，针对于电子系统整体性能。算法层又称为行为层，它是在系统级性能分析和结构划分后对每个模块的功能描述。算法层所描述的功能、行为最终要用数字电路来实现。而数字电路本质上可视为由寄存器和组合逻辑电路组成，其中寄存器负责信号存储，组合逻辑电路负责信号传输。寄存器传输层描述正是从信号存储、传输的角度去描述整个系统。寄存器和组合逻辑本质上是由逻辑门构成，逻辑层正是从逻辑门组合及连接角度去描述整个系统。
FPGA各个描述层次及综合技术关系如图1所示。传统的综合工具是将寄存器传输级（RTL）的描述转化为门级描述。随着以行为设计为主要标志的新一代系统设计理论的不断成熟，能够将系统行为级描述转化为RTL描述的高层次综合技术不断涌现。
作为现代集成电路设计的重点与热点，FPGA设计一般采用自顶向下、由粗到细、逐步求精的方法。设计最顶层是指系统的整体要求，最下层是指具体的逻辑电路实现。自顶向下是将数字系统的整体逐步分解为各个子系统和模块，若子系统规模较大则进一步分解为更小的子系统和模块，层层分解，直至整个系统中各子模块关系合理、便于设计实现为止。
